大同学院是一所纯粹的私立学校，没有政府的补助，也没有资本家的资助。胡敦复和他的同伴们面临的第一个问题：办学经费从哪里来？“大同经费，向持不募捐款，不取官中津贴之旨，故全恃立达之补助，立达则仰给于社员”。吴在渊的一句话，道出了实情——经费只有一个来源，那就是立达学社社员缴纳的社费和捐助。开办经费只有228元，这是立达学社的全部积蓄。后来，社员开展了“特别捐”，凑足了一千多元，才把学院的牌子挂了出去。大同的教室是几间租来的民房，连三角板和酒精灯这样的基础教具都配不齐全，首批学生只有91人。
开办之初，大同学院的教员不取分文报酬，他们还自愿按一定比例捐出外面兼课所得的报酬，以补贴学院的各种经费开支。这其中，作为校长的胡敦复，更是将几乎全部的时间和精力投入到大同学院。1911年至1918年间，胡敦复累计对大同捐款银元超万两，占总数的1/4。而那个年代，400元钱就可以在北京买下一个三进的四合院。
到了第二学期，大同学院已经声名鹊起。一年后，也就是1913年，大同开始自建校舍。1914年夏，大同的全体师生迁入新校址，时有学生126人。
随着校舍、校具的日益齐备，大同学院的办学学科编制也日趋完善。1916年增设英文专修科及数理专修科，1921年增设大学文科和理科，1922 年春，大同学院增设大学商科和教育科，附设中学部。1922年，正值大同学院创办十周年，北洋政府教育部批准立案，大同学院改名为大同大学。上世纪30年代，大同大学占地100余亩，图书馆、教学楼、实验室、体育馆等一应俱全，已成为沪上私立大学之翘楚。在国内，其规模和教学质量均可跻身第一流高等学府，数理、机电两系的教学质量更是蜚声全国，全校大、中学生近千人，其中大学部学生300多名。至1948年，大同大学部学生人数已达2700人，中学部学生达2500人，稳居沪上榜首，是1912年初办时学生人数的50倍。
1952年，大同大学建制被撤销，分别并入其他名校，教育系并入华东师范大学；数学、物理、化学三系并入复旦大学；电机、机械两系并入交通大学；土木系并入同济大学；化学系并入新成立的华东化工学院；经济、会计、银行、工商管理四系并入新成立的上海财政经济学院。
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