本案系一级开发工程合同纠纷，双方对结算方式及工程造价均有争议。故本案的法律问题主要有：一是合同约定“竣工结算以政府审计结果为准”，能否以司法鉴定确定工程结算价款；二是案涉工程造价金额及H公司应否承担逾期付款违约责任。
关于能否以司法鉴定确定工程结算价款，法院并未进行专门说理，但裁判结果依据司法鉴定意见作出，显然本案中法院认为此种情况下司法鉴定意见可以作为双方结算依据。就司法实践而言，主要存在如下裁判思路：
一是竣工结算以政府审计为准的约定应当明确。当事人未约定以政府审计为准的，或当事人以工程性质、地方性法规规定为由要求以政府审计为准的，工程结算无需以政府审计为前提。“工程结算价款由政府机关依法审计”的约定下，审计意见仍应经过当事人共同认可才能作为结算依据。
二是当事人已明确约定竣工结算以政府审计为准的情况下，如因非承包人原因（如发包人怠于启动政府审计程序；审计部门无正当理由长期未出具审计结论）导致尚无审计结论的，承包人可以申请司法鉴定。
三是人民法院对审计机构所出具报告的合法性、合理性负有审查义务及权力，如果审计结论存在明显不真实、不客观、不合理的，审计意见不应作为工程价款结算依据。
四是当事人已明确约定竣工结算以政府审计为准的情况下，双方又另行签署并履行了非政府审计部门出具的结算报告，可能被视为对合同结算条款的实质改变。
五是政府审计结算明确部分工程内容超出政府投资项目，但合同明确约定属于施工内容的，承包人有权主张支付工程价款。
关于逾期违约责任问题，鉴于涉案合同并未约定逾期支付违约责任条款，且H公司已支付工程款利息，故法院未再支持违约金。
