清代承袭了明代的礼制，皇庙依然成力供奉列圣功臣之所，列为大祀。除每岁四孟及岁暮大袷外，还有许多繁复的庆典活动，后时，凡山西的督、抚、道、府、县的文武官员都到这里祝贺，所以又称“万寿宫”。《山西通志·公署略》中记有“万寿宫在省治新南门街东，恭逢万寿、元旦、冬至朝贺之所。”顺治初始定三大节，凡住外地的文武官员亦均设香案、朝服望阙行礼，与北京朝官同。朝贺班次都有详细的规定。清晚期，各省俱恭建万寿宫，有的府、县也有。这时期太原万寿宫的布局大致是这样的：在前宫供奉近亲祖先，中宫供同堂异室祖先，后宫为祧殿，祭各代远祖。各没木雕神龛，帝座雕龙，后座雕凤，并有黄色缎制靠背，龛扣则安放神位。后宫还设置大型神座，书“万岁万岁万万岁”。宫内有供桌、香案，祭时则置簋、笾、豆、爵等盛器，内放酒、食、干鲜果品、各式糕点等。配殿祭文臣武将，也各有祭器、祭品。礼节繁褥，盛极一时。庙后有道路称上马街，是官员参加祭典时规定下马、下轿或上马、上轿的地方，故名，至今仍存。
